Pergamon Trajan Tapınağı, Roma İmparatorluğu’nun en iyi beş imparatorundan ikincisi olan Trajan’a (MS 98-117) ithaf edilmiştir. Roma tapınak mimarisinin tipik bir örneği olan yapı, Pergamon’un yukarı şehrinde, Athena Kutsal Alanı’nın hemen yanında ve antik tiyatronun üstündeki en yüksek noktada inşa edilmiştir. Tapınağın inşası için bu konumun tercih edilmesinin stratejik ve politik bir sebebi vardır. Zira Roma İmpratorluğu dinî ve siyasi yapıların yerini seçerken son derece stratejik bir bakış açısıyla hareket etmiş, ayrıca Roma’nın kendinden öncekileri aşma ve sahip olduğu gücü ortaya koyma isteğini yansıtmaktadır.
Tapınak, kutsal alanın tam ortasında yer almaktadır ve etrafı sütunlu galeriler (stoalar) ile çevrilidir. Geniş avlusu, kutsal alana derinlik kazandırmakta ve ibadet amacıyla gelenlerin tapınağın görkemini daha net bir şekilde algılamasını sağlamaktadır.
Trajan Tapınağı, Roma’da yaygın olan imparatorların ölümünden sonra tanrılaştırılması ve halk tarafından tapınılması geleneğinin Pergamon antik kentindeki bir yansımasıdır. Öte yandan bu durum, Roma hâkimiyetiyle birlikte yerel halkın dinî inanç ve ritüellerinde önemli bir değişim yaşandığını ortaya koymaktadır. Bu bağlamda, tapınağın Pergamon antik kentindeki Roma hâkimiyetinin en önemli alameti olduğu ileri sürülebilir.
Alman mimar Hermann Stiller tarafından 19. yüzyılın sonlarında yapılan kazılarla Trajan Tapınağı ve sütunlu galeriler (stoalar) gün yüzüne çıkarılmıştır. İkinci Dünya Savaşı sonrasında, Pergamon bölgesindeki kazı çalışmaları yeniden başlamış ve kazı alanının daha görünür hâle getirilmesi ve sergilemeye ağırlık verilmesi söz konusu olmuştur. 1960’ların sonlarından itibaren Trajan Tapınağı ve sütunlu galerilerin yeniden ayağa kaldırılması planları yapılmış, Stiller’in kazılarda elde ettiği bilgiler temel alınarak restorasyon çalışmaları yapılmış ve bu sayede tapınak ve sütunlu galerilerin bir kısmı ayağa kaldırılmıştır.