İsa’nın en genç havarisi olarak bilinen Aziz Yuhanna (St. Jean Theologos, İncil Yazarı, Vaftizci Aziz Yahya isimleriyle de bilinir) Efes’e yerleşmiş ve vasiyeti üzerine Ayasuluk Tepesi’ne defnedilmiştir. Aziz Yuhanna’nın buraya defnedilmesi, bölgenin önemli bir ibadet merkezi hâline gelmesine ve burada zaman içerisinde çeşitli yapıların inşa edilmesine vesile olmuştur.
1921 yılında başlayıp aralıklarla günümüze kadar devam eden kazı çalışmaları sayesinde, bölgede birbirini takip eden üç inşa evresi tespit edilmiştir. Hristiyanlığın giderek yaygınlaştığı ve sonrasında Roma’nın resmî dini hâline geldiği MS 300’lü yıllarda, Aziz Yuhanna’nın defnedildiği yerin üzerine mimari açıdan basit bir anıt mezar yapılmıştır. MS 4. ve 5. yüzyıllara tekabül eden ikinci evrede, bu anıt mezarı merkez alan ahşap çatılı bir erken dönem Hristiyan bazilikası inşa edilmiştir. MS 6. yüzyıla tekabül eden son evrede ise depremler nedeniyle kullanılamaz hâle gelen bazilikanın yerine, Doğu Roma imparatoru Jüstinianus ve eşi imparatoriçe Theodora tarafından haç planlı ve kubbeli, büyük boyutlu yeni bir kilise yaptırılmıştır. Artemis Tapınağı’ndan sonra Efes’in en büyük dinî yapısı olma özelliğine sahip olan bu kilisenin mimarlarının aynı zamanda Ayasofya Katedrali’nin de mimarları olan Trallesli (Aydınlı) Anthemios ve İsidoros olduğu tahmin edilmektedir.
St. Jean Kilisesi, erken Bizans mimarisinde büyüklüğü, haç planlı ve kubbeli yapısıyla özel bir öneme sahiptir. Kilisenin mimari ihtişamını arttırmak amacıyla bünyesinde, şapel (küçük kilise/kilisecik), hazine odası, vaftizhane ve avlu gibi yapılara yer verilmiştir. Orta Çağ boyunca Hristiyan hacıların uğrak yeri olan ve bundan ötürü “Hac Kilisesi” unvanını kazanan St. Jean Kilisesi, 14. yüzyıl başlarına kadar önemini korumuştur. Bu dönemde Selçuk’u ziyaret eden İbn-i Batuta, seyahatnamesinde St. Jean Kilisesi’nden söz eder. Ancak ondan sonraki seyyahların kiliseden bahsetmemeleri, 14. yüzyılın ikinci yarısında yaşanan bir deprem nedeniyle kilisenin yıkıldığını teyit etmektedir.
G. A. Sotiriou tarafından 1921 yılında bölgede başlatılan kazı çalışmaları, 1927-1931 yılları arasında Avusturya Arkeoloji Enstitüsü adına H. Hörmann ve F. Miltner’in yönetiminde devam etmiştir. 1957 yılında St. Jean Kilisesi’ni ziyaret eden G. B. Quatmann, yapının onarılması gerektiğini yetkililere bildirerek restorasyon çalışmalarının yeniden başlaması yönünde bir girişimde bulunmuştur. Bu girişimin ardından, 1960-1963 yılları arasında, H. Gültekin ve M. Baran’ın liderliğinde bir restorasyon çalışması yapılmıştır. 1974 yılında Quatmann ailesinin desteğiyle, Prof. Dr. Ekrem Akurgal başkanlığında yeniden başlayan kazı çalışmaları, 1998 yılına kadar kesintisiz olarak devam etmiştir. Dr. Mustafa Büyükkolancı yönetiminde 2007-2019 yılları arasında süren kazı ve restorasyon çalışmaları, St. Jean Kilisesi’nin bugünkü hâline kavuşmasını sağlamıştır. Alandaki çalışmalar, 2020 yılından bu yana da Doç. Dr. Sinan Mimaroğlu başkanlığında yürütülmektedir.