Helenistik Dönem ile Roma İmparatorluğu döneminde en parlak günlerini yaşayan Bergama, Roma İmparatorluğu’nun ikiye bölünmesinden sonra Doğu Roma İmparatorluğu’nun sınırları içerisinde kalmıştır. Bu dönemde giderek önemini kaybeden Bergama’nın yeniden canlanması, Türklerin Anadolu’yu yurt tutmasıyla başlayan süreç sonunda gerçekleşmiştir.
Antik dönemde Mysia olarak bilinen ve günümüzde Balıkesir, Çanakkale ve Bergama’yı içine alan bölgenin büyük bir kısmı, Selçuklu uç beyi Kalem Bey ile oğlu Karesi Bey tarafından, 13. yüzyılın sonlarında fethedilmiştir. Anadolu Selçuklu Devleti’nin çöküş sürecine girdiği bu dönemde, Anadolu’nun birçok yerinde irili ufaklı beylikler kurulmuştur. Karesi Bey de 1300’lü yılların başında bağımsızlığını ilan etmiş ve böylece Karesi Beyliği tarih sahnesine çıkmıştır.
Karesi Beyliği, doğuda Osmanlı Beyliği, güneyde ise Saruhan Beyliği ile komşuydu. Bundan ötürü yönünü Bizans hâkimiyeti altındaki Rumeli topraklarına ve Ege adalarına çevirmiştir. Karesi Bey ile oğlu Yahşi Bey, kendi beylikleri döneminde, güçlü donanmaları sayesinde Bizans’a ve Venediklilere karşı başarılar elde etmiştir. Yahşi Bey zamanında beyliğin başkenti Bergama’ya taşınmış ve bu gelişmeyle birlikte önemi artan Bergama’da imar faaliyetleri de artmıştır.
Yahşi Bey’in ölümünden sonra yaşanan iç karışıklıklar neticesinde, 1345 yılında, Karesi Beyliği’nin toprakları anlaşma yoluyla Osmanlı Beyliği’ne katılmıştır. Karesi Beyliği’nin sahip olduğu donanma ve Rumeli’de edindiği askerî tecrübe, Osmanlıların Rumeli’deki fetihleri için güçlü bir zemin sağlamıştır. Ayrıca Karesi Beyliği soyundan gelenler de Osmanlı yönetimi altında çeşitli görevlerde bulunmuşlardır ve bu durum kayıtlardan 18. yüzyıla kadar takip edilebilmektedir.
Bergama’da, Karesi Beyliği döneminden günümüze ulaşan tek kültür mirası, Selçuklu minaresidir. Bu tarihî minarenin camisi ve caminin bitişiğindeki medrese yapısı 1930’lu yıllarda yıkılmıştır. Yıldırım Bayezid zamanında inşa edilen Ulu Camii, dönemin mimari üslubunun başarılı bir örneğidir. Bergama’nın çok katmanlı tarihi içerisinde, Türk dönemine ait en önemli kültür mirası olarak günümüze kadar ulaşmıştır.
Bergama, Osmanlı dönemi boyunca Kuzey Ege bölgesinin önemli bir ticaret merkezi olmuştur. Ağırlığını Bergama halısı ve diğer dokuma ürünlerinin oluşturduğu bu ticari hareketlilik, bölgenin görece refah içerisinde olmasını sağlamıştır. Taş Han, Çukurhan, Bedesten gibi yapılar bölgedeki ticaretin, bu dönem boyunca, hayırseverler tarafından yaptırılan Hacı Hekim Camii, Şadırvanlı Camii, Parmaklı Mescidi gibi eserler de bu ticaret sayesinde elde edilen refahın göstergesi niteliğindedir.
19. yüzyılın ikinci yarısında Pergamon antik kentinde başlayan kazı çalışmaları, modern zamanlarda Bergama’nın dünya çapında yeniden gündeme gelmesini sağlamıştır. O tarihten günümüze kadar devam eden kazı çalışmaları sayesinde, antik döneme ait birçok eser gün yüzüne çıkarılmıştır. Özellikle Atatürk, Bergama’nın sahip olduğu kültürel mirasın tanıtılmasına ayrı bir önem vermiş ve 1934 yılında Bergama’ya gerçekleştirdiği ziyarette bu tanıtımın bir şenlik düzenlenerek yapılması gerektiğini dile getirmiştir. Bunun üzerine birkaç yıl süren hazırlıkların ardından ilki 1937 yılında düzenlenen ve Cumhuriyet döneminin ilk yerel festivali olan “Bergama Kermesi”, o tarihten bu yana her yıl düzenlenmektedir.
Helenistik Dönem’den günümüze kadar birçok farklı kültüre ev sahipliği yapan ve bu sayede çok katmanlı kültürel peyzaj alanına sahip olan Bergama, 2014 yılında UNESCO’nun Dünya Mirası Listesi’ne seçilmiştir. Günümüzde ülkemizin en önemli kültürel turizm duraklarından biri olan Bergama’yı, her yıl yüzbinlerce yerli ve yabancı turist ziyaret etmektedir.