Haç planlı, Atrium, Narteks ve altı kubbe ile örtülü ana bölüm olmak üzere üç ana bölümden oluşan St Jean Bazilikası, Ayasuluk Tepesi’nin güney yamacındaki basit bir mezarın üzerine inşa edilen M.S. 5. yüzyıl Erken Hristiyan Kilisesi’nin yerine, İmparator Iustinianos tarafından inşa ettirilmiştir. Efes Halkı’nın Ayasuluk’a taşınmasından sonra bazilikanın önemi daha da artmış, tepe surlarla çevrilmiştir. (TC İzmir Valiliği İl Kültür Müdürlüğü, 2001, s.30) Saint Jean Kilisesi çevresindeki yerleşim, M.S. 7. ve 8. yüzyıllarda bölgede Arap akınları etkili olunca, yaklaşık 1 km uzunluğundaki, doğu, batı ve güneyinde toplam üç ana giriş kapısı bulunan sur duvarları ile kuşatılmıştır. Güneyde, iki yanında kare planlı kuleleri ve ortada kemerli bir girişi olan, St Jean Bazilikası’nın da ana girişi olan, Bizans İmparatorluğu döneminde, Stadion’dan sökülen taşlarla inşa edilen Takip Kapısı bulunmaktadır. Ayasuluk Kalesi, Bizans İmparatorluğu Dönemi’nde inşa edilmiş, Aydınoğulları Beyliği ve Osmanlı İmparatorluğu dönemlerinde onarılmış, 15 kule eklenmiştir. Kalenin içerisinde taş döşeli yollar, sarnıçlar, bir cami (Kale Camii) ve kilise kalıntıları bulunmaktadır. Kale Camii, Selçuk’un Türkler tarafından işgal edilmesinin ardından bölgede inşa edilen ilk camidir. Aydınoğulları’ndan İsa Bey Dönemi’ne kadar bölgedeki yerleşim kale içerisindeyken, İsa Bey Dönemi ile birlikte sur dışına taşmaya başlamıştır. Kalenin sur içi ve sur dışındaki bağlantı, doğu ve batı kapılarından aşağı inen patikalardan sağlanmıştır. Batı Kapısı’ndan inen patika İsa Bey Camii’ne ulaşmaktadır. Ayasuluk Kalesi’nde Türk Dönemi’nde yaşanan en büyük tahribat, 1402 Ankara Savaşı’ndan sonra, Timur’un bölgeye gelişinde yaşanmış, 15. yüzyılın ikinci yarısından itibaren şehir ve iç kale yeniden canlanmaya başlamıştır. (Can, A., 2012, s.51-62)