10. yy’da Küçük Asya’daki 12 İyon şehrinden biri olan Efes’te M.Ö. 7. binyılda Çukuriçi Höyüğü’nden başlayarak, bir zamanlar Kayster Nehri’nin havzası olan Selçuk’ta günümüze kadar devam eden aralıksız ve karmaşık bir yerleşim tarihi izlenebilmektedir. Coğrafi olarak elverişli bir konuma sahip olmasına rağmen Efes, çökelme nedeniyle kıyı şeridinin sürekli doğudan batıya kaymasına maruz kalmış, bu da şehir alanı ve limanlarının bir çok kez yer değiştirmesine sebep olmuştur. Eski haliçin güney kenarını oluşturan Çukuriçi Höyüğü’ndeki neolitik yerleşim oldukça içeride kalınca, Orta Tunç Çağı’ndan itibaren terk edilmiş, Ayasuluk Tepesi’ne yerleşilmiştir. M.Ö. 2. bin yılda kurulan Efes Artemis Kutsal Alanı, antik dünyanın en büyük ve en güçlü kutsal alanlarından biri haline gelmiştir. (Ladstätter, S., 2016, s.413)
M.Ö. 14. yüzyılda bölgede Myken yerleşimi olduğu ve M.Ö. 1200’lerde deniz kavimlerinin bölgeye göç ettiği bilinmektedir. İon Efesi’ni Atina Kralı Kodros’un oğlu Andoklos’un, bir kahinin işaret ettiği yere kurduğu düşünülmektedir. Lidya Kralı Kroios’un kuşatmasından sonra Efes, Attik-Delos deniz birliğine katılmış, M.Ö. 386 yılında Pers yönetimine girmiş, Büyük İskender’in Perslerle mücadelesi sonucunda kent tekrar özgürlüğüne kavuşmuştur. M.Ö. 300’de İskender’in generallerinden Lysimakhos, Hellenistik stilde modern bir kent inşaa etmek istemiş ve Hippodamus şehircilik prensiplerine göre ızgara plana sahip caddeler ve onları dik kesen sokaklardan oluşan, bugün hala Bülbüldağı’nın kuzey yamaçlarında görülebilen surlarla çevrili bir kent oluşturmuştur. Kent M.Ö. 133 yılında, Bergama Krallığı’nın vasiyet yoluyla Roma’ya bağlanmasıyla, Roma İmparatorluğu’nun Asia Eyaletine katılmış, İonia bölgesinin merkezi, Roma İmparatorluğu’nun ikinci başkenti ve İmparator Augustus’un ikamet ettiği yer olmuştur. (TC İzmir Valiliği İl Kültür Müdürlüğü, 2001, s.53). Bu dönemde, yapılar genişletilmiş, yeniden şekillendirilmiş (renovasyon), Hadrian tapınağı ve Celcus Kütüphanesi gibi daha zarif tarzda yapılar inşa edilmiştir. Efes’in düşüşü Bizans Devri’ne rastlamaktadır. Bu dönemde, Panayır Dağı tepesinden başlayarak, liman ve Bizans şehrini içine alan yeni savunma duvarları ve eski liman bölgesinde Meryem Ana Kilisesi dahil bir kaç yapı inşa edilmiştir. Panayır Dağı’nın doğu yamacında Nekropol alanı, ve yine Hristiyanlık Dönemi’ne tarihlenen Yedi Uyuyanlar yapıtı bulunmaktadır. (Akurgal, 1971, s.8-9). M.S. 6. yüzyılda havarilerin ve Meryem Ana’nın Efes’e gelişi, bölgede Hristiyanlığın hızlı bir şekilde yayılmasına vesile olmuştur. Küçük Menderes nehrinin (eski Kayster Nehri) getirdiği alüvyonlarla tarih boyunca kıyıdan uzaklaşan Efes, Orta Çağ’da kıyıdan tamamen uzaklaşmış, yeni iskele Cenevizliler tarafından Kuşadası (Scalanuova) olmuş, Efesliler de Ayasuluk Tepesi çevresine yerleşmişlerdir. Erken Osmanlı Dönemi’nden sonra Efes, tamamen terk edilmiştir. (TC İzmir Valiliği İl Kültür Müdürlüğü, 2001, s.53)