Anadolu’nun Türkleşmesi, Malazgirt Zaferi’ni takip eden ve üç asra yayılan bir sürecin sonunda gerçekleşmiştir. Bu süreçte Anadolu’da Türkler tarafından ilk siyasi birlik, Anadolu Selçuklu Devleti tarafından tesis edilmiştir. Anadolu topraklarının büyük bir kısmını hâkimiyeti altına alan Konya başkentli bu devletin çöküşüyle birlikte, tarihte “Beylikler Dönemi” olarak anılan dönem başlamıştır. 14. yüzyıl boyunca süren bu dönem içerisinde, Anadolu’nun birçok bölgesinde irili ufaklı Türk beylikleri kurulmuştur. Gazi Mehmed Bey tarafından 14. yüzyılın başlarında Birgi merkezli olarak kurulan Aydınoğulları Beyliği de bu beyliklerden olup bir asrı aşan hâkimiyet döneminde, Aydın ve İzmir bölgesinde hüküm sürmüştür.
Gazi Mehmed Bey’in oğlu Umur Bey döneminde İzmir fethedilmiş ve Ege Denizi’nde Venedik ve Bizans donanmalarına karşı başarılar elde edilmiştir. Umur Bey’in İzmir’de Aşağı Kale’yi (Ok Kalesi de olarak bilinir) tekrar ele geçirme girişimi sırasında şehit olmasından sonra, beyliğin başına Hızır Bey geçmiştir. Hızır Bey döneminde beyliğin başkenti, Birgi’den Ayasuluk’a (Efes-Selçuk) taşınmıştır.
Aydınoğulları Beyliği’nin başkenti olmasıyla birlikte Ayasuluk’ta imar çalışmaları artmıştır. Özellikle Hızır Bey’in 1360 yılında vefatının ardından tahta geçen İsa Bey döneminde Ayasuluk en parlak günlerini yaşamıştır. Bu dönemde İsa Bey adına Şamlı mimar Ali bin Müşeymeş tarafından inşa edilen İsa Bey Camisi, Efes’in çok katmanlı tarihinde, Türk döneminin en önemli mirası olarak günümüze kadar ulaşmayı başarmıştır.
İlk örneği Şam Emeviyye Cami’nde, akabinde Diyarbakır Ulu Camii ile Artuklu dönemi camilerinde görülen mimari tasarıma uygun şekilde yapılan İsa Bey Camii, Batı Anadolu’nun avlulu ilk camisi olma özelliğine sahiptir. Yapımında Efes antik kentinden başta sütun olmak üzere çeşitli devşirme malzemeler getirilerek inşasında kullanılan cami, özgün hâlinde iki minarelidir ki bu durum, bir hükümdar/bey camisi olduğuna ilişkin en belirgin alamet-i farikasıdır. Zaman içerisinde doğu kısmında yer alan minaresi yıkılan ve yıpranan camide, 1980’li yıllarda kapsamlı bir restorasyon çalışması yapılmıştır.
Helenistik Dönem’de Sart (Sardes) ticaret yolunun güvenliği için inşa edilen Keçi Kalesi ile Bizans döneminde Efes’in ilk yerleşim yeri olan Ayasuluk Tepesi’nde yapılan Ayasuluk Kalesi, hem Aydınoğulları hem de Osmanlı döneminde kullanılmaya devam etmiştir. Ayasuluk Tepesi’nde 1990’lı yıllarda başlayan kazı çalışmaları, Efes’in tarihi açısından birçok yeni bilginin elde edilmesini sağlamış, 2000’li yıllar boyunca kale özelinde yoğunlaşan kazılar neticesinde Ayasuluk Kalesi ayağa kaldırılmış ve ziyarete açılmıştır. Keçi Kalesi ise günümüzde önemli bir yürüyüş (trekking) destinasyonu olarak yerli ve yabancı turistlerin ilgisini çekmektedir.
Aydınoğulları Beyliği döneminde en parlak günlerini yaşayan Ayasuluk, Osmanlı hâkimiyetine girdikten sonra zamanla bölge ticaretinde İzmir, Tire ve Kuşadası’nın öne çıkmasına bağlı olarak önemini yitirmiş ve giderek nüfusu azalarak ıssızlaşmıştır. Bölgenin tekrar canlanması, 19. yüzyılın ikinci yarısında İzmir-Aydın demiryolu hattının açılması ile olmuştur. Yine bu dönemde başlayan Efes antik kenti kazıları da bölgenin canlanmasına büyük bir ivme kazandırmıştır.
Cumhuriyet’in kurulmasıyla birlikte “Selçuk” ismini alan ve ilçe statüsüne kavuşan bölge, günümüzde UNESCO Dünya Mirası listesinde yer alan Efes antik kenti sayesinde ülkemizin en önemli kültür turizmi merkezlerinin başında gelmekte ve her yıl yaklaşık üç milyon yerli ve yabancı turisti ağırlamaktadır.