İzmir’in tarihî ve kültürel varlıkları hakkında önemli çalışmalara imza atmış olan Münir Aktepe, tespit ettiği 3 Kasım 1671 tarihli bir vakfiyeden hareketle, Kemeraltı Cami’nin banisinin Yusuf Çavuşzade Ahmet Ağa olduğunu nakleder. Aktepe, caminin inşa tarihinin vakfiye kaydındaki tarihten önce olmasına dikkat çeker ve bu tarihin 1660’lı yılların ikinci yarısına tekabül edebileceğini belirtir.
Cami uzun bir dönem banisinin ismiyle anılmıştır. Ancak tarihî net olarak bilinmeyen bir dönemden itibaren bulunduğu bölgenin (Kemeraltı) ismiyle anılmaya başlanmıştır. Caminin bünyesinde kütüphane, medrese ve şadırvan bulunmaktadır. Ayrıca bitişiğinde sokağa açılan bir sebili vardır. Bu sebil son yıllara kadar aktif olarak hizmet vermekteydi.