Büyük Vezir Hanı ile Küçük Vezir Hanı arasında yer alan Küpecioğlu Hanı’nın yapım tarihi kesin olarak bilinememekle birlikte, 17. yüzyıl sonları ile 18. yüzyıl başlarında inşa edilmiş olduğu tahmin edilmektedir. Dikdörtgen bir forma sahip olan han, klasik avlulu Osmanlı hanlarının tipik bir örneğidir. Bununla birlikte, hanın kuzey kısmında ve doğu kısmında han yapılarının oda simetrisinden farklı ölçü ve büyüklüklerde odalara yer verilmiştir.
Büyük Vezir Hanı’na bitişik konumda olan Küpecioğlu Hanı’nın avlusunun ortasından geçen bir koridorla Büyük Vezir Hanı ile bağlantısı bulunmaktaydı. İki katlı ve toplamda 35 odası olan han, bölgesindeki diğer hanlar gibi denizle bağlantısı olduğu dönemde kervanlara hizmet etmiş, zaman içerisinde kıyıdan uzaklaştıkça farklı işlevler üstlenmiştir. Fakat Küpecioğlu Hanı’nın bu dönüşüm süreci, Büyük ve Küçük Vezir Hanlardan farklı bir gelişme göstermiştir. Zira 19. yüzyılda bulunduğu muhitte yaşanan yangınların olumsuz etkilerini bertaraf edemeyen han, Büyük ve Küçük Vezir Hanlar gibi erken dönem modern iş merkezine tam anlamıyla geçiş yapamamış, 1922 yılında Büyük İzmir Yangını sonucunda yıkılana kadar birçok farklı kullanıma sahne olmuştur.