Osmanlı Devleti’nin modernleşme çabaları içerisinde önemli bir yere sahip olan Tanzimat ve Islahat fermanları ile esas olarak Osmanlı yurttaşlığı fikri hayata geçirilmeye çalışılmıştır. Nitekim bu dönem boyunca yapılan düzenlemelerin önemli bir bölümü, gayrimüslim tebaa ile Müslüman tebaa arasındaki farklılıkların ortadan kaldırılmasına yöneliktir. Yurttaşlık temelinde modern devlete giden yolun ilk adımları olarak değerlendirilebilecek bu düzenlemeler kapsamında, gayrimüslimlerin yeni mabet inşa etmelerine yönelik kısıtlamalar da kaldırılmıştır. Bu gelişmenin doğal bir neticesi olarak ise 19. yüzyılın ikinci yarısından itibaren İzmir’de birçok yeni kilise inşa edilmiştir.
İlerleyen süreçte, 20. yüzyılın başına gelindiğinde, şehrin merkezinde Hristiyanlığın farklı mezheplerine ait 30’un üzerinde kilisenin bulunduğu kaynaklara yansımıştır. İzmir’in Yunan işgalinden kurtulmasının ardından, 13 Eylül 1922’de başlayan ve dört gün süren Büyük İzmir Yangını, kent merkezinin önemli bir kısmını etkilemiş ve bu bölgede yer alan kiliselerin büyük bir kısmı yangın nedeniyle yıkılmıştır. Fakat bir kısmı da günümüze ulaşmayı başarmış ve hâlihazırda aktif olan dinî hizmetler verilmeye devam eden kiliseler de bulunmaktadır.
Roma’nın henüz Hristiyanlığı resmî din olarak kabul etmediği MS 2. yüzyılda, Hristiyan olduğu gerekçesiyle Smyrna antik kentinde idam edilen Aziz Polycarp’a ithaf edilen St. Polycarp Kilisesi, 17. yüzyılın ilk yarısında inşa edilmiştir. Birçok kez onarım görmüş kilise, 1898 yılında hem genişletilmiş hem de iç dekorasyonu yeniden elden geçirilmiştir. Bu tarihte yapılan fresklerin sanatçısı ise İzmir’in simgesi Saat Kulesi’nin de mimarı olan Raymond Pere’dir. Günümüzde aktif olarak kullanılan kilise, kent merkezinde, Konak ilçesi sınırları içerisinde yer almaktadır.
Santa Maria Kilisesi, Aziz Yuhanna Katolik Kilisesi, Notre Dame du Rosaire Kilisesi, St. John Angilikan Kilisesi ve Aziz Vukolos Kilisesi, İzmir kent merkezindeki diğer önemli kilise yapılarıdır. Santa Maria Kilisesi’nin yapımı 1698 yılında tamamlanmıştır. Hâlâ kullanılan Venedik yapımı kilise orgu, 1700 yılına tarihlenmektedir. İnşasına 1862 yılında başlanan ve 1874 yılında ibadete açılan Aziz Yuhanna Katolik Kilisesi’nin yapımı için dönemin Osmanlı padişahı Sultan Abdülaziz tarafından önemli miktarda bağış yapılmıştır. Alsancak Katolik Kilisesi olarak da bilinen Notre Dame du Rosaire Kilisesi ise Kutsal Tespih onuruna yapılmış ve 1904 yılında ibadete açılmıştır.
İzmir’deki İngilizlerin ibadethane ihtiyaçlarının karşılanması amacıyla dönemin Osmanlı padişahı Sultan II. Abdülhamid tarafından bağışlanan arazi üzerinde inşa edilen St. John Angilikan Kilisesi, 1898 yılında ibadete açılmıştır. Günümüze ulaşmayı başarmış Rum Ortodoks kilisesi olan Aziz Vukolos Kilisesi ise Basmane semtinde yer almaktadır. Bir dönem müze, opera çalışma salonu ve depo olarak da kullanılan bu yapı, 2003 yılında İzmir Büyükşehir Belediyesine devredilmiştir. Akabinde başlayan projelendirme ve restorasyon çalışmaları 2014 yılında tamamlanmış ve hâlihazırda kültür merkezi olarak kullanılmaktadır.