Limanın ikinci etabı için imzalanan imtiyaz sözleşmesi kapsamında İzmir gümrük binasıyla modern bir gümrük binası ile depoların yapımına karar verilmiştir. İzmir gümrük binasıyla beraber, limanın ikinci etabı için imzalanan imtiyaz sözleşmesi kapsamında inşa edilen ve Pasaport İskelesi olarak anılan yapı grubu, karadan denize doğru uzanan 150 metrelik bir hat boyunca inşa edilmiştir. Kara tarafındaki ilk bina, gümrük idaresi tarafından pasaport işlemleri için kullanıldığından “pasaport binası” olarak adlandırılmıştır. Denize doğru uzanan ve daha büyük olan bina ise liman işletme binası olarak kullanılmıştır. Her iki bina da Büyük İzmir Yangını’ndan etkilenmiş ve harap olmuştur. Daha sonra bu binaların yerine polis karakolu ve yolcu iskelesi olarak kullanılmak üzere iki yeni yapı inşa edilmiştir. 2000’li yıllarda kapsamlı bir restorasyon geçiren bu yapılar, günümüzde de yolcu iskelesi olarak kullanılmaktadır. Ayrıca deniz polisi karakolu ile İzmir Seyahat Sağlığı Merkezi de burada bulunmaktadır.
Kara tarafında yer alan pasaport binası bulunduğu bölgeye de ismini vermiştir. Binanın bulunduğu muhit, yaklaşık 150 yıldır Pasaport olarak anılmaktadır. Bu durum, bir binanın kent kültüründe ve hafızasında tutabileceği yerin ne kadar büyük olabileceği gösteren önemli bir örnektir. Bugün bir İzmirli için Pasaport, yurt dışına çıkışta kullanılan resmi bir evrak olmanın ötesinde, yaşanmışlıklarla dolu bir mekânın adıdır.
Liman idaresi, Bugünkü Pasaport İskele, Sébah & Joaillier, 1890